Établies sur les thématiques de l’eau, de la végétation des rives et des cours d’eau ainsi que sur la navigation, les missions de l’institution sont :
- d’assurer l’entretien des berges et des cours d’eau et le suivi des travaux d’aménagement des ouvrages hydrauliques ;
- de veiller à la continuité de la navigation et à la gestion d’occupation du Domaine Public Fluvial de la Sèvre niortaise, du Mignon et des Autize(s) ;
- de porter des travaux de maîtrise des proliférations végétales, notamment exotiques sur le marais mouillé, comme la jussie ;
- de réaliser des études liées à la gestion de l’eau : modélisation de la nappe de l’Aunis, étude d’indicateurs de suivi en marais, études volumes prélevables ou liées à la révision des SAGE ;
- d’être la structure porteuse du Schéma d’Aménagement et de Gestion des Eaux (SAGE) Sèvre Niortaise et Marais poitevin, dont le territoire comprend le bassin de la Sèvre Niortaise et le bassin du Curé.
