Restaurer la fonctionnalité des milieux aquatiques est un enjeu fort pour atteindre le bon état écologique.
Dans ses documents, afin de mieux connaître, préserver et gérer les milieux aquatiques et les zones humides, le SAGE Sèvre niortaise-Marais poitevin rédigé en 2008 préconise notamment tout particulièrement :
- de rééquilibrer les usages de l’eau pour réduire les périodes d’assecs de cours d’eau ;
- d’assurer l’inventaire, la préservation et la reconquête des zones humides ;
- d’améliorer la circulation piscicole pour leur permettre d’accéder sans trop de difficulté aux différents milieux dont ils ont besoin pour se nourrir et se reproduire, de réhabiliter les habitats piscicoles et frayères ;
- d’améliorer la gestion des niveaux d’eau d’hiver et de début de printemps dans le Marais ;
- de lutter contre les espèces exotiques ou envahissantes.
Aujourd’hui, avec les connaissances acquises depuis cette date, les axes de travaux insistent aussi sur deux axes de travail :
- les têtes de bassins versants ;
- la reconquête de la morphologie des cours d’eau.
