Le classement sanitaire (révisé à minima chaque année) se traduit par des contraintes d’exploitation différentes :
- en zone « A », les coquillages peuvent être récoltés et conditionnés directement en vue de la mise sur le marché,
- en zone B, ils doivent être retrempés en bassin de purification avant mise sur le marché,
- en zone C, la purification doit être plus longue,
- et aucun mouvement de coquillages ne peut se faire sur une zone classée D.
Cette évolution va obliger de fait les mytiliculteurs à retremper les moules dans des bassins de purification avant mise sur le marché, alors qu’il existait jusqu’alors (arrêté de 1999) une tolérance de 10% de mauvais résultats dans les analyses.
Les infrastructures à terre n’existant pas, l’enjeu est de taille puisqu’il faut créer des bassins de stockage, des réserves d’eau et des bâtiments d’expéditions, et embaucher des salariés pour effectuer des taches jusque là effectuées à bord des bateaux pendant le trajet « bouchot- port ».
Les professionnels charentais sont une exception dans la mytiliculture française puisque les concessions sont uniquement accessibles en bateaux, avec un temps de trajet long (1 heure), ce qui permet de travailler (conditionner les moules ou préparer les cordes d’ensemencement) pendant le trajet, évitant ainsi tout temps mort.
Le classement en zone B ou A/B impose l’obligation de retrempage, lavage et conditionnement à terre des moules. Outre le double emploi des machines, ces classements imposent investissement en moyens humain et matériel (dégradation de la rentabilité des entreprises) et font rentrer en forte concurrence (afin de rentabiliser les investissements) des sociétés qui aujourd'hui fonctionnent plutôt sur le système de l’entraide.
