Le milieu littoral est soumis à de multiples sources de contamination d'origine humaine ou animale : eaux usées urbaines, ruissellement des eaux de pluie sur des zones agricoles, faune sauvage. En filtrant l'eau, les coquillages concentrent les microorganismes présents dans l'eau. Aussi, la présence dans les eaux de bactéries ou virus potentiellement pathogènes pour l’homme peut constituer un risque sanitaire lors de la consommation des coquillages.
Les Escherichia coli, bactéries communes du système digestif, sont recherchées comme indicateurs de cette contamination fécale. Le classement et la surveillance sanitaire des zones de production de coquillages à partir de cet indicateur sont basés sur les règles sanitaires européennes (ci-dessous) suivantes :
- La zone « A » correspond à taux de coliformes fécaux E.Coli inférieur à 230 pour 100g de chair de coquillage et liquide intervalvaire (CLI) avec 0% de tolérance ;
- La zone « B » correspond à des taux compris entre 230 et 4.600 avec une tolérance de 10% des analyses avec des résultats inf. à 46.000
- La zone « C » correspond à des taux compris entre 4.600 et 46.000 avec 10% de tolérance
- La zone « D » est appliquée pour des taux de coliformes fécaux E Coli supérieur à 46.000.
Le Pertuis breton et la baie de l’Aiguillon sont divisés en une quinzaine de zone de surveillance dans le cadre d’un réseau de surveillance (REMI) et de nombreuses analyses effectuées. Un atlas des zones de production et de reparcage de coquillages est disponible sur ce lien.