Les cours d’eau du bassin de la Sèvre niortaise-Marais poitevin, comme la grande majorité des cours d’eau français, ont été fortement aménagés et anthropisés au cours des siècles. Ces aménagements visent principalement à utiliser l’énergie hydraulique (moulins, seuils, barrages, hydroélectricité, …), à stocker de l’eau pour la production d’eau potable ou l’irrigation, ou plus récemment à contrôler ses débordements (digues, protection de berges, barrages, recalibrage et/ou suppression de méandres,…).
L’ensemble de ces aménagements finissent par modifier profondément la morphologie des cours d’eau, uniformiser les habitats et faciès d’écoulement, altérer la qualité des eaux (réchauffement, eutrophisation, …), déstructurer l’équilibre fonctionnel de ceux-ci (obstacle à la circulation des espèces et des sédiments,…) et par empêcher l’atteinte du bon état écologique recherché pour se conformer à la Directive Cadre sur l’Eau ou DCE (2000/60/CE), directive européenne du Parlement européen et du Conseil adoptée le 23 octobre 2000 établissant un cadre pour une politique globale communautaire dans le domaine de l'eau.
Le transport naturel des sédiments par le cours d’eau, la qualité des habitats aquatiques et leurs connectivités avec les milieux latéraux (lit majeur, frayères à brochets, …) et amont-aval (lit mineur, accès aux zones de reproduction ou de nourriture, …) ainsi que la libre circulation des espèces aquatiques sont à l’origine du bon fonctionnement des écosystèmes fluviaux. La présence de seuils, barrages, digues, protections de berges entrave ce fonctionnement lorsque l’impact cumulé de tous ces ouvrages devient trop important.
Sous le terme continuité écologique pour les cours d’eau, on entend donc la prise en compte de la continuité écologique sous toutes ses composantes (continuité longitudinale, latérale et sédimentaire).
