Dans le cadre des dernières lois de décentralisation (MAPTAM), la compétence de gestion de ces milieux aquatiques a été confiée aux communes qui en ont délégué (ou transféré) ensuite la compétence à des syndicats intercommunaux. Sur le périmètre du SAGE Sèvre niortaise-Marais poitevin, ces structures sont au nombre de 5 :
Syndicat Mixte Vendée Sèvre Autizes (SMVSA)
Adresse : 11 Allée de l’innovation 85200 FONTENAY-LE-COMTE
Téléphone : 02.51.50.01.31
Site internet : https://www.cc-vsa.com/gestion-des-milieux-aquatiques-et-prevention-des-inondations/
Syndicat mixte du bassin versant de la Sèvre Niortaise (SMBVSN)
Adresse : 95 boulevard de l'Atlantique 79000 NIORT
Téléphone : 05 49 79 93 13
Syndicat Mixte des rivières et marais de l'Aunis (SYRIMA)
Adresse : 1 Ter rue de la Procession 17170 COURCON
Téléphone : 05 46 55 55 00
Syndicat Mixte à la Carte (SMC) du Haut Val de Sèvre et Sud Gâtine
Adresse : Zone Industrielle Verdeil 79800 SAINTE-EANNE
Téléphone : 05 49 05 37 10
Site internet : https://www.smc79.fr/milieux-aquatiques/
Syndicat mixte des vallées du Clain sud (SMVCS)
Adresse : 1 bis rue Edouard Normand 86700 Valence-en-Poitou (Couhé)
Téléphone : 05 49 37 81 34
Site internet : https://www.clainsud.fr/