Le principal outil de la mise en œuvre des travaux et politiques préconisées par le SAGE dans le domaine de la reconquête de la qualité des cours d’eau est le Contrat territorial Eau (ou CT eau). Cet outil contractuel est proposé par l'Agence de l'eau Loire-Bretagne qui en est aussi le principal financeur. Le SAGE est systématiquement associé à l’élaboration et à la validation de ces contrats.
Les cours d’eau du périmètre du SAGE Sèvre niortaise-Marais poitevin sont aujourd’hui intégralement couverts par des Contrats territoriaux Eau par les structures publiques GEMAPIennes du territoire (liens vers les structures avec leurs coordonnées). Les travaux mis en œuvre dans le cadre de ces contrats vont de l’entretien ou la restauration de ripisylves et des berges, la lutte contre les espèces exotiques envahissantes, la renaturation de portions de lits de cours d’eau, des travaux sur les ouvrages hydrauliques afin d’en améliorer la franchissabilité ou la transparence piscicole et sédimentaire, ou encore des opérations de curage (pour les secteurs situés en marais).
